Με βάση τις δραστηριότητες του και τη μέχρι τώρα στελέχωση του, το Τμήμα έχει οργανωθεί σε τέσσερις βασικούς κλάδους: τον Κλάδο Συστήματος Αξιολόγησης της Αναπηρίας, τον Κλάδο Κοινωνικών Παροχών, τον Κλάδο Επαγγελματικής Αποκατάστασης και Άλλων Υποστηριχτικών Υπηρεσιών και τον Κλάδο Κεντρικού Σημείου Σύμβασης ΟΗΕ.
Ως υποστηρικτικές υπηρεσίες λειτουργούν το Αρχείο και το Λογιστήριο του Τμήματος.
Η οργανωτική δομή του Τμήματος παρουσιάζεται σχηματικά πιο κάτω:
