Η ίδρυση του Τμήματος Κοινωνικής Ενσωμάτωσης Ατόμων με Αναπηρίες πραγματοποιήθηκε με τον περί Προϋπολογισμού Νόμο του 2009, με βάση την Απόφαση του Υπουργικού Συμβουλίου αρ. 66.763 και ημερ. 6.2.2008.
Το Τμήμα λειτούργησε αρχικά με αποσπάσεις υπαλλήλων και μετακινήσεις εναλλάξιμου προσωπικού από τη Διοίκηση του Υπουργείου, την Υπηρεσία Μέριμνας Αναπήρων του Τμήματος Εργασίας και από το Ανώτερο Τεχνολογικό Ινστιτούτο. Για τη μόνιμη στελέχωση του Τμήματος δημιουργήθηκε 1 θέση Διευθυντή με τον Προϋπολογισμό του 2009 και 17 εξειδικευμένες θέσεις με Συμπληρωματικό Προϋπολογισμό κατά το 2009.
Για την άμεση και προσωρινή στέγαση του Τμήματος ανακαινίστηκε η βόρεια πτέρυγα των κτηριακών εγκαταστάσεων του Ανώτερου Τεχνολογικού Ινστιτούτου στην Αγλαντζιά, αξιοποιώντας το διαθέσιμο χώρο, έπιπλα και εξοπλισμό του Ινστιτούτου.
Το 2011 έγινε εφικτή η μετακόμιση του Τμήματος, από τις κτηριακές εγκαταστάσεις του ΑΤΙ όπου είχε στεγαστεί προσωρινά για δυόμισι χρόνια, σε νέα ενοικιαζόμενα κτήρια στα Λατσιά, με πλήρη πρόσβαση στα άτομα με αναπηρίες και με υποδομή για την αξιοπρεπή, άνετη και αποτελεσματική εξυπηρέτησή τους. Τα νέα κτήρια του Τμήματος παρέχουν τη δυνατότητα για λειτουργία του νέου Κέντρου Αξιολόγησης Αναπηρίας Λευκωσίας, αλλά και εύκολη πρόσβαση σε πολίτες από άλλες πόλεις. Το 2017 ξεκίνησε τη λειτουργία του το δεύτερο Κέντρο Αξιολόγησης Αναπηρίας στη Λεμεσό.
Η πλήρωση των πρώτων μόνιμων θέσεων του Τμήματος συνέπεσε με την παγοποίηση όλων των κενών θέσεων λόγω της οικονομικής κρίση στην Κύπρο από το 2012 μέχρι το 2017. Έτσι, η ολοκλήρωση της στελέχωσης του επιτεύχθηκε σταδιακά μέχρι το 2018 και η προσπάθεια για ενίσχυση της στελέχωσης παράλληλα με τη διεύρυνση των αρμοδιοτήτων και δραστηριοτήτων του είναι συνεχής.